Vologda ligt op de rechteroever van de rivier met dezelfde naam, een oude waterweg die deze stad via de stroomgebieden van de rivieren Sukhona en Sheksna met Archangelsk verbond.
In de twaalfde eeuw werd de stad voor het eerst in historische bronnen genoemd. In de 15e eeuw werd Vologda geregeerd door Veliky Novgorod. Vanaf 1462 was Vologda twintig jaar lang het centrum van het apanage-vorstendom, maar vanaf 1481 viel het onder de heerschappij van het Moskouse vorstendom, waarvan de heerser toen Ivan III was.
In 1565 besloot Ivan de Verschrikkelijke om zijn tweede oprichnina-residentie in Vologda te vestigen. Hij wilde hier een stenen Kremlin en een fort bouwen. Duizenden ambachtslieden en boeren werden naar Vologda gedreven en de bouw werd geleid door de Engelse ingenieur H. Locke. In het plan was het Kremlin een rechthoek. Aan de noordkant werd het beschermd door de rivier de Vologda en aan beide kanten werd een gracht met water gegraven. Maar de inval van de Krim-Khan in 1571 en de pest die in Vologda begon, dwong Ivan IV om terug te keren naar Moskou. Met het vertrek van de koning stopte de bouw.
Door het ontbreken van serieuze vestingwerken had Vologda veel te lijden onder de invasie van het Pools-Litouwse leger in 1612. Maar de stad werd snel herbouwd en overtrof zelfs haar vroegere omvang. Tegen het einde van de 17e eeuw bestond het historische centrum van Vologda uit vier delen: Stad, Verkhniy Posad, Nizhniy Posad en Zarechye. Aan het begin van de 18e eeuw verzwakte de economische positie van Vologda echter enigszins door de oprichting van St. Petersburg en de ontwikkeling van de handel in de Oostzee.
In 1708 werd Vologda opgenomen in de regio Archangelsk. Maar al in 1719 werd de stad het centrum van de provincie Vologda, en in 1796 - het centrum van de provincie Vologda, die tot 1929 bestond.
In de 19e eeuw werd de stad een plaats van politieke ballingschap voor veel leden van de intelligentsia. In 1918 speelde Vologda gedurende 5 maanden de rol van de "diplomatieke hoofdstad" van Rusland. Na het sluiten van het Vredesverdrag van Brest verhuisden ambassades en missies van 11 grote staten tijdelijk hierheen, met name: de VS, Groot-Brittannië, Frankrijk, Japan, China, Brazilië, enz.
Nu is Vologda een populair toeristisch centrum dat zowel door Russen als buitenlandse toeristen wordt bezocht.
