Novgorod werd voor het eerst genoemd in de kroniek in 859 - deze datum wordt beschouwd als het startpunt voor de leeftijd van de stad. In 862 is er in het "Tale of Bygone Years" een verhaal over de roeping van de Varangians naar Rusland. De oudste van de Varangianen die kwamen, Rurik, begon in Novgorod te regeren.
Aan het begin van de 11e eeuw verschilde Novgorod niet van andere steden in Kievan Rus in zijn structuur. Maar in 1014 weigerde prins Yaroslav de Wijze hulde te brengen aan Kiev, en in feite werd Novgorod onafhankelijk. De bouw van de stenen muren van de stad en de stenen Sophia-kathedraal begint in Novgorod.
In de tweede helft van de 12e eeuw verwierven de Novgorodiërs het recht op een veche - ze begonnen een bisschop te kiezen - de hoogste kerkelijke autoriteit. Tegen het einde van de 12e eeuw kregen Novgorodians het recht om prinsen uit elke stad uit te nodigen om te regeren en een overeenkomst met hen te sluiten. In 1226 besteeg Alexander Yaroslavovich, die later Nevsky werd genoemd, de troon van Novgorod.
In de 14e eeuw werd de stad de Republiek Novgorod genoemd en was het een van de grootste en rijkste regio's van Europa. De republiek omvatte het grondgebied van de huidige regio's Novgorod, Pskov, Leningrad, Archangelsk en de autonome republieken Komi en Karelië. De meeste van de ontdekte berkenbastletters behoren ook tot deze tijd. Maar aan het einde van de 15e eeuw zweren Novgorodians trouw aan de Moskouse prins Ivan III.
In 1570 arriveert Ivan de Verschrikkelijke in Novgorod om de stedelingen tot bedaren te brengen, beschuldigd van een valse aanklacht van een verlangen om naar Litouwen te gaan. De bewakers verpletteren en beroven Novgorod al enkele weken, en enkele duizenden inwoners worden gedood.
Aan het begin van de 17e eeuw, tijdens de tijd van problemen in Rusland, werd Novgorod bezet door de Zweden, de bevolking werd teruggebracht tot 800 mensen. In de tweede helft van de 17e eeuw werd Novgorod bewoond door kolonisten uit Valdai, Tichvin en andere omliggende steden. In de 18e eeuw, met het begin van de bouw van St. Petersburg, verliest Novgorod eindelijk zijn commerciële en economische belang. Aan het einde van de 18e eeuw begon Novgorod te worden herbouwd volgens het algemene plan. In 1862 werd het Millennium van Rusland monument in de stad geopend.
Tijdens de Grote Vaderlandse Oorlog werd Novgorod in augustus 1941 door de nazi's bezet. Op 20 januari 1944 werd hij bevrijd door Sovjet-troepen.
In 1959 vierde Novgorod zijn 1100-jarig bestaan.
